Die Machtergreifung der Nazis im Januar 1933 brachte auch für den Fußball in Deutschland einschneidende Veränderungen. Ab Mai 1933 mussten sich die Vereine eine Einheitssatzung geben, in der das Führerprinzip eingeführt, außerdem der Auschluss jüdischer Mitglieder festgelegt wurde. Inwieweit der 1933 erfolgte Zusammenschluss zwischen dem SC Stern und dem SC Alemannia aus den sportlichen Mißerfolgen der frühen 30er Jahre resultierte, aus vorauseilendem Gehorsam gegenüber der neuen Diktatur erfolgte oder das Ergebnis direkten Zwangs war, lässt sich aufgrund fehlender Unterlagen aus dieser Zeit nicht mehr klären. Ebenso wie die Frage, ob die Vereine seinerzeit jüdische Mitglieder hatten und wie mit einer Verfolgung jüdischer Sportler umgegangen wurde. Der zeitliche Zusammenhang der Fusion wie die Tatsache, dass die Fußball-Verbände sich sehr schnell dem Nationalsozialismus unterworfen haben, legt aber nicht unbedingt positive Schlußfolgerungen nahe.
Im Zuge der Gleichschaltung des Sports wurde auch der Spielbetrieb der Ligen neu geordnet: Als oberste Spielklassen gab es ab 1933 die Gauligen – zunächst 16 von Ostpreussen bis Bayern, später kamen entsprechende Ligen in den annektierten und dem Deutschen Reich eingegliederten Gebieten hinzu. Der Hamburger Fußbal gehörte zum Gau Nordmark, der Groß-Hamburg, Schleswig-Holstein und Mecklenburg-Vorpommern umfasste. Die Sieger der Gauligen ermittelten dann in der Endrunde den Deutschen Meister.
Als Hamburger Unterbau für die Gauliga Nordmark fungierte die Bezirksklasse – zunächst mit je 12 Mannschaften in den Staffeln Hammonia und Hansa, nach dem Inkrafttreten des Groß-Hamburg-Gesetzes kam eine dritte Staffel Germania hinzu. In dieser Bezirksklasse, gewissermassen der 2. Liga jener Jahre, fand auch der fusionierte SC Alemannia-Stern seinen Platz: 1934 gelang der Aufstieg in die Bezirksliga, nach einem kurzzeitigen Abstieg 1937 gelang im Folgejahr direkt der Wiederaufstieg, bis 1943 konnte die Klasse gehalten werden. Insgesamt belegt der SC Alemannia-Stern in der ewigen Tabelle der Bezirksklasse Hamburg den 15. Platz unter 83 Mannschaften, die in dieser Liga gespielt haben.
Im Verlauf des 2. Weltkriegs, besonders nach dem verheerenden Bomben-Angriff auf Hamburg im Juli 1943 standen viele Hamburger Vereine vor dem Problem, nicht mehr genügend Spieler für den Spielbetrieb zu haben. So bildeten sich in den Jahren 1943 und 1944 sogenannte Kriegsspielgemeinschaften (KSG) aus mehreren Vereinen, mit denen der Liga-Spielbetrieb in Hamburg bis ins Jahr 1945 fortgesetzt werden konnte. Der SC Alemannia-Stern bildete zunächst im Jahr 1943 für 11 Spiele eine KSG mit dem SC Pfeil, die dann 1945 für weitere 15 Spiele noch um den SV West-Eimsbüttel erweitert wurde. Mit dem Ende des Kriegs wurden diese Gemeinschaften wieder aufgelöst.